三国群英传3有新增了不少东西，首先，旧玩家一定会发现到的就是内政方式变的不一样了，之前的内政方式都是以部下人数来决定工作量，人越多就可以做更多事，而新的回合制则是依照君主的势力大小而有不同的下指令数目，表面上虽然指令数减少，但是原本只能每年做快速内政事务，现在则改为每个月都可以下指令，因此会有更充裕时间来统一全中国，发动战争也将并入到内政模式中，可以让玩家考虑的更清楚，不会有多线作战的烦恼。

《三国群英传3》中让玩家的带兵量加倍，达到400人上限，而每位将军在游戏里可率领三种不同类型的士兵搭配，加上不同的阵形产生许多不一样的战术变化，如可在前方布置武斗兵做肉搏战，后方则置放长距离攻击的弓箭兵等。
在三国时代以太守为主的军事体系中无论是文官或武将都非常重要，三代中将出场的文武官总数增加至四百多人，并让双方的能力更趋于平衡，而不至于让玩家觉得武将的用处大于文官，游戏中的内政模式便是专门为文官所设计的，并让其加强在战争中的带兵及指挥能力，使军师更能一展长才，而不会有一面倒认为文官不好用的情形出现。

《三国群英传3》延续了二代的武将在征战过程中逐渐升级的设定，但这次玩家却可任意为心爱的将士依自己的需要分配各种不同技能、自由培养手下的武将，较为不同的地方则是武将技与军师技并不是随着部属升级而直接获取，乃需要用战争中得到的勋功值换得。三代同时也恢复了一代才有的将军官位，用以代表可带兵数量的多寡，越高阶的将军可带的兵便越多，但也需要相对的等级才有资格担任。
虽说在以三国时代为背景的游戏中可以扮演一代枭雄曹操、仁德君主刘备等让玩家试试成为知名人物运筹帷幄的感觉，但若能够用自己的身份来挑战各家英豪，应该也是不错选择。《三国群英传3》里玩家将可自立新君主、新武将，带着一群亲朋好友来打天下，试试到底是那些名人厉害，还是自己能够成为一统中国的名君。

在前两代中，战争时双方军队都是排列成两排然后一对一对的进入战斗，这种玩法虽然十分简单易懂，不过很难表现出真正历史战争中的地形因素，像江东的孙权主要就是依靠着长江的天险和北方的曹操僵持数十年，现在游戏中的50多个城池及十多个重要据点，都有各式不同的地形，在南方由于长江及支流面积广阔，较好派上擅长水战的将领来作战才会有利。
另外，本系列游戏的重头戏可以说是在壮观的两军对战厮杀场面，比前一代中，双方的带兵量又再次的加倍，达到了高达400人的上限，不仅数量增多，特别的是现在每位将军可以率领三种不同类的士兵来搭配，加上不同的阵形，就能产生许多战术的变化，例如：可以在前方布置武斗兵来作肉搏战，后方则是用长距离攻击的弓箭兵，这样长短攻击搭配起来士兵就会变很强。
和其它三国游戏不同的是，群英传中每位武将都会在不断的征战过程中逐渐的越变越强，在二代时，武将的升级过程是比较单向的，所获得的技能也比较固定，新系统则是参考了玩家的建议，让君主能依照玩法的需要，去自由的培养手下武将，例如：武将技及军师技不是在升级时直接获得，而是需用战争中获得的勋功值去换来，虽然所能学到的武将技还是会受到该武将本身能力的影响，不过因应每个玩家的独门战法，就可以让手下学习其它种武将技及军师技。
还有一项与武将能力有关的改变就是恢复了原先一代才有的将军官位，不过一代中官位不同代表的是武将技不同，官位大小在三代中则比较符合历史意义，用来表示可带兵数量的上限多寡，越高阶的将军位虽然可带兵更多，但是也必须要有相对的等级才有资格担任。
在二代中内政都是以部下的人数来决定工作量，人越多便可做更多事，《三国群英传3》新的回合制则是依照君主的势力大小而有不同的下指令数目，换言之，势力越大者才能下更多的指令来让部属工作，而原本只能每年作快速内政事务则改为每个月都可下指令，如此一来玩家将会有更多时间来进行统一中国的动作，就连战争模式也一起并入内政模式里，免除了多线作战的烦恼。