《圣斗士2》游戏故事发展将有效忠于漫画原著，以雅典娜女神和冥王哈迪斯之间爆发的圣战为故事主线，穿插曲折的原创剧情。玩家可以选择作为雅典娜的圣斗士为正义而战，也可以选择作为哈迪斯的冥斗士为冥王效力，通过故事主线，带领玩家经历原著中的著名场景，例如：圣域、冥界、哈迪斯城，经历原著中的关键事件。