ChemDraw Professional支持ChemDraw Prime的全部功能，在此基础之上新增了如下几项主要功能：
ChemDraw Professional是化学家和生物学家准备出版物时必备的一套专业的绘图工具，功能分区更加鲜明，智能绘图功能用于ELNs，数据库功能和发布和查询化学数据，新版本还新增SciFinder?功能。相较于ChemDraw Prime版本，ChemDraw Professional功能更加齐全，新增的功能包括绘制生物聚合物、NMR预测、结构名称转化以及对结构数据进行研究和重组等。

ChemDraw Pro相关特性及功能：
专业化学绘图工具
这是一个备受化学家和生物学家信赖的专业化学绘图工具，它能有效地处理有机、有机金属高分子、生物聚合物材料（包括氨基酸、肽和DNA和RNA序列）和高级形式的立体化学问题。
预测数据属性、生成光谱
科学家通过使用ChemDraw Professional预测数据属性、生成光谱、建立正确的IUPAC名称、计算反应化学计量学，可以有效地节约时间并提高数据的有效性。
化合物快速搜索命名功能
化学家可以使用ChemDraw Pro绘制并提交SciFinder化合物和反应直接搜索，无论是什么化学类型或结构类型，都能够更加迅速和有效地找到相关的化合物（结构），大大减少科研时间。
便捷的科研交流工具
科学家可以使用生物模板创建生动形象的插图和细胞通路（包括生活化学物品），从而更加快捷、高效并有效地进行科研交流。

更新日志：
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逆合成增强工具。
使用SciFinder搜索可以直接从ChemDraw Professional剪切和粘贴，减少时间。
从剪贴板复制和粘贴cdxml和molfile文本与其他应用程序交换数据，其格式都如同PerkinElmer E-Notebook一样通用。
新增包括二硫化物和内酰胺桥、β和D-氨基酸，DNA，RNA的生物高分子工具栏组别和连接。
使用化学方法解释肽膏DNA和RNA序列，确定缠绕和定型的化学结构序列。