《圣剑传说3：重制版》画面上已经全面进化，不过游戏仍然保持了选择一名故事主线角色以及另外两名好友的方式。随着好友的不同，游戏的故事和结局也会有所差别。《圣剑传说3重制版》的战斗系统加入了跳跃功能，这是原版《圣剑传说3》所没有的。