较高指挥官虚假联盟承接《较高指挥官》的剧情，耳尖的玩家会在结局听到关于新威胁的消息，这支异星种族正是「瑟拉芬」，然而从官方网站释出的游戏预告影片来看，「瑟拉芬」并非如同主程式中所描述的这麽友善。「塞布兰国」的「量子人工智慧（QAI）」不知为何居然背叛布雷克曼博士，在地球开启了一道「量子裂缝」。
数以万计的异形军队从裂缝涌入，「UEF」所在的地球首当其冲，面对敌人大军压境毫无招架之力，只能捨弃地球逃往其他行星。然而，「瑟拉芬」的目的是要淨化整个银河系，这也意味着同样是人类的「万古启示」和「塞布兰国」将无法倖免于难，于是三方阵营只能结成同盟共同抵抗外星异形的威胁。

较高指挥官虚假联盟说明：
新种族武力盛大
「瑟拉芬」使用的科技与其他人类阵营不同，连兵种单位的造型也十分独特，他们利用「负能量」作为武器，甚至在武器中包含一种怪异的「能源生物」，比如说「瑟拉芬」的重型火砲能发射的能源弹药会释放出这种「能源生物」攻击敌人，他们的突击机器人也具备这种特色，即使被摧毁，留下来的能源生物仍然会持续攻击附近敌方单位一段时间。
「瑟拉芬」入侵地球的巨大飞行物则是实验性轰炸机，这种轰炸机投射的能量炸弹等同于小型核弹，威力奇大无比，光是一架就足以移平整座基地，而且它还配备三门防空自动砲，就算面对大批空优战机也有自保的能力。
人类阵营的精进
为了对抗异星种族的威胁，三方人类阵营在军事科技上也互有交流，每个阵营多了十种新单位，其中包含一个全新的实验性单位。举例来说，「塞布兰国」终于有了属于自己的科技等级三砲艇，相信对「UEF」的重型砲艇有更好的反击能力。
此外，像是点防御、鱼雷发射器等防御性单位也强化至科技等级三，海军单位有新的「反潜艇」船舰、「匿踪力场产生器」船舰……等，空军单则有能运送更多部队的「重型运输艇」等等。
而从目前透露的新实验性单位，「塞布兰国」的蜘蛛机器人已经不够看，布雷克曼博士较新研发的「巨石」是蜘蛛机器人的两倍大，这种外形像螃蟹的两栖作战单位配备两门质子加农砲和防空武器，以及鱼雷发射器和反鱼雷爆弹，光是一具就能歼灭整批海军舰队，不仅如此，它也是座机动工厂，能够生产地面单位和小型船舰，一但「巨石」生产成功，将会是敌人难以招架的强兵利器。
视觉特效向上提升
除了新的战役、兵种单位外，《较高指挥官：钢铁同盟》也在游戏画面和特效有大幅的进步，单位的贴图和细节更为丰富，新的爆炸特效、高热产生的模煳效果以及光影处理，使得原本就已经十分惊人的画面更上层楼；游戏的效能和人工智慧也大为改善，如果玩家在《较高指挥官》较困难模式下还能游刃有馀，那麽资料片绝对让人感受到十足的挑战性。