风色幻想2的故事主要发生于一个名为“伦”的大陆之中。它是一个具有相当文明的地方，不过这样的世界还是有着科学无法理解之处，那就是在数千年前肆虐于各地的精灵巨兽。人们当然想阻止这样的悲剧不断发生，一群由北方的圣灵教派所组织的人们想挑战这罪于罚的执行者，他们就是被称为“旅团”的人们。游戏的女主角——莉芙便是旅团的一员，旅团与反叛军以及后来即将登场的精灵巨兽之三方大混战，便是游戏中玩家所要经历的首场冒险。

风色幻想2没有饰品装备的设定，因此可以让武、防具附加特殊效果的“炼金系统”就更加地重要！先前曾提到过的特殊道具－灵魂体，是无法在商店中购买，其主要的来源就是敌人。当玩家解决敌人之后，灵魂体就会和经验值、金钱一样加算进去，而藉由灵魂体蕴含的神秘力量就可以对于装备进行强化。不过可以附加特殊效果的灵魂体便取得不易，因为玩家必须解决某些任务或者打倒强大敌人后，才能获得。那如何进行炼金呢？相当地简单。制作小组在每个城镇内，都安排了一间“炼金屋”。玩家只要拥有所需的装备品、灵魂体和金钱，就可以进行炼金的工程。至于材料中的灵魂体，在战斗结束后就可以取得了。有了炼金系统后，玩家就可以打造出属于自己的梦幻装备了！

新要素：炼金系统
为了让武器等装备品的效用更加地引人注目，《风色幻想2》导入新系统“炼金系统”。在游戏中，玩家于战斗结束之后，都会得到特殊道具--灵魂体。这种道具是炼金系统必备的材料之一此外每个角色都有属于自己特色的装备，藉由炼金系统的炼制下，装备的力量将会比以往强大，使得战斗轻松了许多。
而炼金系统并不会改变装备品的外观，它主要的供用是提升装备品的能力，比如说：原先只有20点攻击力的长剑，经由炼金系统的炼制之后，就成为具有30点攻击力的长剑。

重视团队合作的战斗系统
《风色幻想2》的类型已经跟以往的作品不同，因此在许多系统上有了许多的转变，其中以“战斗系统”为重点之一。而风II吸收了前作战斗类型的优点，在这次战斗系统的规划，特别强调“团队精神”。因为RPG类型的参战人员比RSLG类型的参战人员少了许多，因此会发生角色的强度不均，到了游戏后期，就只是那几名角色参战而已，但RSLG类型的游戏鲜少会发生这种状况。所以风II专为每名角色打造少见的战斗特性。
在战斗中，玩家必须善用这些特性，来进行团队作战，否则的话，就会发生打普通敌人就好象打魔王的情况，那幺打魔王时玩家一定会感到非常地艰辛的！若玩家可以善用团队作战的话，再困难的魔王战都能轻松地应付。
此外在参战人员方面，虽然只有三名人员，但是玩家可以藉由替换来更换参战人员，所以团队作战是很重要的关键，假使无法做到的话，那幺战斗就会变的相当困难。玩家必须清楚了解每位角色的特性，如此一来在战斗中，才能顺利地发挥团队作战真正的效果。

多主角并行制
随着游戏的进行与剧情的发展，为了能将整个《风色幻想2》错综复杂的二十多万字剧本整个原汁原味完整呈现，玩家将可不断的切换其它多达十人的主角来进行游戏，而为了因应多角色切换剧情系统，还特别规划出“经验共享”的功能，让新旧角色共享经验值。